J'ai modifié le conf.ini comme le tien puis lancé le jeu: aucun changement.
J'ai mis "maximum" aux paramètres vidéo avant le lancement.( car ils sont "personnalisés" )
Après le test les paramètres se remettent en mode "personnalisés"

et voici le conf.ini qui à nouveau se modifie :
[Render_OpenGL]
TexQual=3
TexMipFilter=1
TexCompress=0
TexFlags.UseDither=1
TexFlags.UseAlpha=0
TexFlags.UseIndex=0
TexFlags.PolygonStipple=1
TexFlags.UseClampedSprites=0
TexFlags.DrawLandByTriangles=1
TexFlags.UseVertexArrays=1
TexFlags.DisableAPIExtensions=0
TexFlags.ARBMultitextureExt=1
TexFlags.TexEnvCombineExt=1
TexFlags.SecondaryColorExt=1
TexFlags.VertexArrayExt=1
TexFlags.ClipHintExt=0
TexFlags.UsePaletteExt=0
TexFlags.TexAnisotropicExt=1
TexFlags.TexCompressARBExt=1
TexFlags.TexEnvCombine4NV=1
TexFlags.TexEnvCombineDot3=1
TexFlags.DepthClampNV=1
TexFlags.SeparateSpecular=1
TexFlags.TextureShaderNV=1
HardwareShaders=0
Shadows=2
Specular=2
SpecularLight=2
DiffuseLight=2
DynamicalLights=1
MeshDetail=2
VisibilityDistance=3
TypeClouds=1
Sky=2
Forest=0
LandShading=3
LandDetails=2
LandGeom=2
TexLarge=1
TexLandQual=3
TexLandLarge=1
VideoSetupId=2
Water=1
Effects=1
PolygonOffsetFactor=-0.15
PolygonOffsetUnits=-3.0
ForceShaders1x=0
Je n'ai jamais eu la ligne
TypeClouds=1 et ton
VideoSetupId=17 moi =2

Il faut peut être aussi regarder du côté des paramètres nVidia ?